Η 28η Οκτωβρίου του 1940 βρίσκει τον 22χρονο Κωνσταντίνο Μητσοτάκη στη σχολή εφέδρων αξιωματικών στη Σύρο όπου είχε καταταγεί μόλις πριν από 15 ημέρες.
Αρχηγός του λόχου του ήταν ο γιατρός, Γρηγόρης Λαμπράκης !
Με συνοπτικές διαδικασίες μετατίθεται στο Μακεδονικό Μέτωπο. Η επέλαση της Βέρμαχτ και η συνθηκολόγηση Τσολάκογλου βρίσκει τον Μητσοτάκη με το χαρτί της μετάθεσης για την Αθήνα, στο χέρι. Ο δρόμος της επιστροφής φρικτός. Με τα πόδια περνάει την οροσειρά της Πίνδου, τ΄ Άγραφα και τα Βαρδούσια. Υπό δραματικές συνθήκες φτάνει στην Αθήνα και από εκεί προσπαθεί να περάσει στη Πελοπόννησο ώστε να φύγει για την Κρήτη.
Στους Αγίους Θεοδώρους, οι ναζί τον πιάνουν αιχμάλωτο. Εκμεταλλεύεται το γεγονός ότι ξέρει Γερμανικά και κάνει τον διερμηνέα. Τελικά μαζί με άλλους 300.000 συμπολεμιστές του σε όλη την Ελλάδα, αφήνονται ελεύθεροι και έτσι ο δρόμος προς την Κρήτη ανοίγει. Στο αγαπημένο του νησί θα καταλήξει τον Ιούλιο του 1942.
Εκεί, θα ενταχθεί αμέσως στην «Εθνική Οργάνωση Κρήτης» βοηθώντας μάλιστα ενεργά στη συνεργασία των αντιστασιακών οργανώσεων, με τη σύναψη της «Συμφωνίας του Θερίσου» (Ιούλιος 1943), η οποία συνέβαλε στην αποτροπή του εμφυλίου πολέμου στην περιοχή.
Συλλαμβάνεται δυο φορές και καταδικάζεται ισάριθμες φορές σε θάνατο. Το διάστημα της κράτησης του συνεργάζεται και πάλι ως διερμηνέας με τους κατακτητές. Τα βρετανικά αρχεία που άνοιξαν το 2003 αποκάλυψαν ότι παράλληλα ήταν πράκτορας των Βρετανών, στους οποίους μετέδιδε σημαντικές πληροφορίες, εξαργυρώνοντας την ιδιότητά του ως δικηγόρου των Ελλήνων που έστελναν οι αρχές κατοχής στα στρατοδικεία.
Η πρώτη φορά που πήρε χάρη ο Μητσοτάκης ήταν την 25 Μαρτίου 1944 όταν την έδωσε (σε περίπου 100 άτομα) ο ναζί στρατηγός Μπρόγερ εξαιτίας της εθνικής επετείου και η δεύτερη την 31 Μαρτίου 1945, λίγο πριν την παράδοση των Γερμανών στα Χανιά, όταν έγινε η ανταλλαγή περίπου 10 Ελλήνων πολιτών με 100 αξιωματικούς των ναζί.
Ένα μήνα περίπου πριν τις εκλογές (στις 10 του Μάη) η εφημερίδα «Αυριανή», δημοσιεύει μια φωτογραφία του Μητσοτάκη ανάμεσα σε δυο ναζί στρατιώτες κατηγορώντας τον ευθέως πως ήταν συνεργάτης των κατακτητών.
Πολλά χρόνια αργότερα ο δημοσιογράφος Κώστας Βαξεβάνης κατά τη διάρκεια έρευνας που πραγματοποιούσε στα αρχεία της Στάζι αποκαλύπτει πως η φωτογραφία είναι πλαστή και κατασκευάστηκε από τη μυστική υπηρεσία της Ανατολικής Γερμανίας, μετά από αίτημα των… Βουλγαρικών μυστικών υπηρεσιών.
Η «Αυριανή» δίνει συνέχεια δημοσιεύοντας μια ακόμα φωτογραφία με τον Μητσοτάκη ανάμεσα σε άνδρες που χαιρετούν ναζιστικά.
Σε ότι αφορά, δε, τη δεύτερη φωτογραφία την απάντηση την είχε δώσει ο ίδιος ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης, λέγοντας πως είναι τραβηγμένη την 31 Μαρτίου 1945, ημέρα που απελευθερώθηκε από τους ναζί για δεύτερη φορά. Είναι η στιγμή που αφήνονται ελεύθεροι και κάποιοι θεωρούν σκόπιμο να χαιρετίσουν ναζιστικά (ίσως και από αμηχανία, όπως ανέφερε ο πρώην πρωθυπουργός σε παλαιότερη συνέντευξή του), μπροστά στον Γερμανό διοικητή των Χανιών. Ο ίδιος, επέλεξε να μην κάνει τίποτα και απλά να καθίσει σε στάση προσοχής, κρατώντας με το δεξί του χέρι την καπαρντίνα του.
